一是理顺行政治理体系。在行政机构设置方面，要根据医疗、工伤和生育保险的推进情况，尽快调整医疗保险行政治理的机构和职能。工伤保险是社会医疗保险中最早开展的险种，其主要的功能是分散企业因职工工作伤害造成的经济负担，保护职工的权益。尽管对工伤治疗和对疾病治疗所产生的经济负担有相同的地方，但在对职工的收入保障方面工伤和医疗保险有截然不同支出，而对工伤职工的收入保障是工伤保险的主要功能。当前，在我国因工伤害已经逐渐为社会关注，在工伤保险的立法方面也已经取得较为积极的进展，工伤保险已经在近期出台，势必要有强有力的行政和治理推动手段，工伤保险无论是从行政机构还是从治理机构都必须自成体系。这也是世界各国工伤保险治理经验。在生育保险方面，其所要处理的风险是除短期因生育不能工作造成经济损失外，主要的风险是处理因生育产生的医疗费用，这与医疗保险几乎没有大的区别，大多数国家是将生育作为医疗保险中的一个非凡的保险项目进行统一治理。因此，在本届政府的机构改革中，建议将医疗保险和工伤保险在行政治理体系上分开，而医疗保险和生育保险制度各自独立，在治理上可以考虑合并。
二是健全医疗保险服务规范和标准治理体系。医疗保险服务规范和标准治理体系，是行政立法和行政监督、事务经办的技术支撑体系。建立这一体系是由医疗保险必须以医疗服务的形式为参保职工提供补偿的非凡性所决定的。如何利用有限的医疗保险基金为参保职工提供规范的、保证医疗质量的同时又是非常有经济效率的医疗服务，必须建立一系列治理规范和标准作为保证。制定这些标准非行政所能也非经办机构所能，必须有专门的机构组织庞大的专家评价体系，需要一些专业技术人才专门从事这项工作，才能公平和科学地完成这项工作。近几年，药品目录、诊疗标准、以及支付标准的工作是由行政和经办机构分别承担的，这是改革初期要经过的一个过程，但耗费了行政部门和经办机构大量精力，增加了政策研究制定和事务经办任务本来就很重的行政和经办机构的负担，同时，社会上也产生了对这项工作公平性的非议，部分地方在协议纠纷、参保人员权益纠纷方面也因为缺乏服务规范和标准以及相应的专家支撑系统而难以明断是非。因此，按照医疗保险制度运行的非凡需要，借鉴国际先进经验，建议在行政和经办治理之外，建立单独的医疗保险服务规范和标准治理体系，主要负责组织专业技术人员对医疗服务进行经济学评价、拟定服务规范和标准，同时负责对医疗保险有关服务纠纷进行技术鉴定，为行政和经办治理提供技术支撑。